El microscopio invertido sigue el mismo principio de funcionamiento que el microscopio óptico convencional pero con la peculiaridad que está montado de forma totalmente opuesta.
En un microscopio convencional la muestra se ilumina desde abajo y se observa con un objetivo desde la parte superior a la platina. En los microscopios invertidos, en cambio, la luz proviene desde arriba la platina y el objetivo se encuentra debajo de ella.
La ventaja principal de los microscopios invertidos es que permiten observar las muestras situadas en el fondo de un recipiente. Esto es muy útil para mantener las muestras hidratadas y permite hacer observaciones que no son posibles con los microscopios convencionales.